V МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ “ПОСТГЕНОМ’2018”
В ПОИСКАХ МОДЕЛЕЙ
ПЕРСОНАЛИЗИРОВАННОЙ МЕДИЦИНЫ
+7 (499) 246 77 21
Казань, 29.10.2018– 2.11.2018

Круглый стол по исследованию микробиома

КРУГЛЫЙ СТОЛ: Исследование микробиома человека: от проектирования до интерпретации данных

 

Сопредседатели: Е.Н. Ильина, Е.Е. Андронов, А.О. Плотников
31 октября, 17:30

Используемая в исследованиях микробиома человека методика высокопроизводительного секвенирования сложна и многоэтапна. Применение разнообразных экспериментальных процедур и методов биоинформатической и статистической обработки неизбежно связано с проблемами и искажениями, которые зависят от массы воздействующих факторов: в том числе, от контаминации образцов, достоверности классификации и идентификации микроорганизмов, погрешностей, вносимые амплификацией и методами биоинформатической обработки результатов, а также от природы образца, размера выборки и глубины секвенирования, метода экстракции ДНК и пр. Существенное значение имеют особенности отбора и транспортировки образцов и методология формирования выборки. Дискуссия будет посвящена обсуждению широкого спектра проблем, возникающих на разных этапах этих исследований, что явится хорошим заделом для формирования основ будущей стандартизации методов высокопроизводительного секвенирования, разработки стандартизованных подходов, процедур и протоколов для исследования микробиома человека, включая статистические подходы к анализу данных.
 

Участники

10 мин  А.О. Плотников   Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН, Оренбург, Россия

Оценка микробиомов методом высокопроизводительного секвенирования гена 16S рРНК: возможности и ограничения метода

10 мин  Н.Е. Гоголева1,2, И.А. Новиков3, А.С. Балкин4, Ю.А. Хлопко4, И.В. Чеботарь5, Е.И. Шагимарданова2   1Казанский институт биохимии и биофизики, обособленное структурное подразделение ФИЦ КазНЦ РАН, Казань; 2Институт фундаментальной медицины и биологии, Казанский (Приволжский) федеральный университет, Казань; 3НИИглазных болезней, Москва, Россия; 4Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза, УрО РАН, Оренбург; 5НИИ неотложной детской хирургии и травматологии, Москва, Россия

Ретроспективная верификация результатов метагеномных исследований: необходимость и возможные решения 

10 мин  С.В. Черкасов Институт клеточного и внутриклеточного симбиоза УрО РАН, Оренбург, Россия

Метагеномные исследования микробиоты человека:клинико-микробиологические аспекты